El término municipal de Torre Val de San Pedro abarca un amplio territorio que va desde la alta montaña (cota máxima en el Nevero 2209 m) hasta las vegas del río Cega, se encuentra en la vertiente norte de la sierra de Guadarrama y posee varias figuras de protección natural:
La totalidad del término se encuentra dentro de Red Natura 2000 (red de áreas naturales de alto valor ecológico a nivel de la Unión Europea que tiene por objeto garantizar la supervivencia a largo plazo de las especies y hábitats europeos más valiosos y amenazados). En la ZEPA y LIC "Sierra de Guadarrama" y dentro del Parque Natural "Sierra Norte de Guadarrama". A su vez sus cumbres se encuentran dentro del Parque Nacional "Sierra de Guadarrama".
Con tan amplio territorio se abarcan muy diversos pisos de vegetación pudiendo disfrutar de los matorrales y pastizales alpinos de Los Pelados, del conocido pinar de Navafría con bosquetes relictos de tejos, de los magníficos ejemplares de robles melojos de La Salceda, de las dehesas mixtas de robles y fresnos de La Torre, de los enebrales de las lastras del Valle, de los prados cercados y algunos labrantíos en las inmediaciones de las poblaciones y de la exuberante vegetación del río Cega y sus afluentes el arroyo Cubo y Ceguilla.
Torre Val cuenta con muchos recursos naturales entre los que se encuentran seis montes de utilidad pública con una superficie total de 2413 ha (el 55% del término municipal). Es atravesado por vías pecuarias, siendo la principal la Cañada Real Soriano Occidental, con coladas y descansaderos asociados a la misma. Esta vía forma parte de la red de caminos naturales del Ministerio de Agricultura, Pesca, Alimentación y Medio Ambiente en la etapa 4.
Tiene varias formaciones de interés geológico y geomorfológico como son el complejo glaciar de Romalo Pelao, donde aparecen restos de cuatro antiguos glaciares pleistocenos y donde están los manaderos del río Cega, dos formaciones tipo mesa en Valle de San Pedro y la fosa tectónica de La Salceda cuya zanja aprovecha el arroyo Sordillo y cuya altura en Los Herreros es de interés paisajístico como mirador natural.
